Il pittore, prima di accingersi alla decorazione, divise il suo lavoro in tre lotti:

1. Abside, presbiterio, ambulacro e lunette delle pareti della navata centrale;
2. Navata centrale, compresa la parete di fondo;
3. Navate laterali.

E non solo! Nella stessa missiva, l'artista promise di dare il meglio di se' per la realizzazione dell'opera parabitana, chiedendo contestualmente una stanza del convento per alloggiare e prepararsi in tranquillità e solitudine. Tale lettera è conservata nell'archivio della Basilica.

Negli affreschi del Prayer appare l'animo semplice dell'artista che si rivela non solo per le belle immagini dei personaggi, tutti ispirati al mondo popolare e manifestanti una grande fede e un totale abbandono alla volontà di Dio, ma anche per i fiabeschi castelli che riempiono le scene.

La Croce col Crocifisso si staglia maestosa in un paesaggio cupo, illuminato solo dalla luce del Redentore moribondo.

Nelle scene dell'Annunciazione, della Natività e dell'Assunzione di Maria, non sono presenti paesaggi, ma vi sono immortalati primi piani illuminati da una luce che unificano i personaggi con l'ambiente.

E, accanto, vi è l'ora della Croce, nella quale il Cristo sarà glorificato e attirerà tutti a se'.

I diciotto affreschi che coprono le pareti delle navate laterali, di quattro campate ciascuna, con volta a crociera, più le due pareti interne della facciata principale, narrano la vita di Maria: dalla promessa della redenzione nel Paradiso terrestre alla glorificazione della Figlia di Sion. Esse costituiscono una vera e propria catechesi.

Nella navata centrale si articola un'ulteriore ciclo pittorico, costituito da una catechesi che potrebbe esprimersi in un concetto: Maria cantata dai grandi Dottori della Chiesa e venerata dai santi più conosciuti nella devozione popolare.

Guardando dal fondo del Santuario, in senso orario, si notano delle lunette ogivali, all'interno delle quali sono contenute delle invocazioni tratte dalle litanie lauretanee (Mater purissima, Regina Angelorum, ecc...).

Ogni invocazione sottostà ad un simbolo intonato dall'espressione. Sempre guardando l'altare, e incominciando dal primo arco a sinistra dal fondo della chiesa, si possono ammirare nei soprarchi i Santi: Cecilia, Cosimo e Damiani, Isidoro, Luigi, Sebastiano, Francesco d'Assisi, Efrem il Siro, Cirillo d'Alessandria, Agostino, Bernardo, Caterina da Siena, Rocco, Teresa di Gesù Bambino, Giorgio, Giuseppe da Copertino e Rita da Cascia.

Tali espressioni, poste accanto ai quattro Dottori della Chiesa degli ultimi due archi prima del presbiterio, non riguardano se' stessi, ma sono lodi alla Madonna, scaturite dalla loro riflessione teologica. Citando Agostino, a titolo esemplificativo, si legge:

Consolatrix afflictorum succurre miseris

(Consolatrice degli afflitti, soccorri i bisognosi)

Le pareti degli ultimi due archi sono affrescate con ghirlande di fiori e frutti, e, sempre guardando l'altare, quello di sinistra recas inciso il Magnificat e quello di destra la Salve Regina.